Sob o comando da prefeita Mara Bertaiolli (PL), a Prefeitura de Mogi das Cruzes é responsável por administrar uma cidade com mais de 440 mil habitantes (IBGE 2018), localizada a cerca de 50 km da capital paulista.
A prefeitura, atualmente, é composta por 18 secretarias: Agricultura, Assistência Social, Assuntos Jurídicos, Cultura, Desenvolvimento, Educação, Esporte e Lazer, Finanças, Gabinete, Gestão, Governo, Obras, Planejamento, Saúde, Segurança, Serviços Urbanos, Transportes e Verde e Meio Ambiente. Além disso, conta com o auxílio de seis controladorias: Comunicação, Defesa Civil, Habitação, Idoso, Pessoa com Deficiência e Turismo.
Em complementação ao trabalho da Prefeitura e secretarias, existem também uma série de conselhos municipais, cada um deles versando sobre temas diferentes, compostos obrigatoriamente por representantes dos vários setores da sociedade civil organizada. Os seguintes conselhos municipais estão atualmente em atividade em Mogi das Cruzes: Cab (Conselho de Abastecimento de Alimentos e Bens de Consumo), Cae (Conselho de Alimentação Escolar), Cmapd (Conselho para Assuntos da Pessoa com Deficiência), Cmdca (Conselho dos Direitos da Criança e do Adolescente), Cmdr (Conselho de Desenvolvimento Rural), Cme (Conselho de Educação), Cmi (Conselho do Idoso), Cms (Conselho de Saúde), Comas (Conselho de Assistência Social), Comjuve (Conselho da Juventude), Commulher (Conselho da Mulher), Comoma (Conselho Mogiano de Meio Ambiente), Comphap (Conselho de Preservação do Patrimônio Histórico, Cultural e Artístico), Compir (Conselho de Promoção da Igualdade Racial), Comtur (Conselho de Turismo), Comuc (Conselho de Cultura), Comutran (Conselho de Transporte, Trânsito e Mobilidade Urbana), Concidade (Conselho da Cidade), Desporto (Conselho do Desporto), Fundeb (Fundo de Manutenção e Desenvolvimento da Educação Básica) e Tutelar (Conselho Tutelar).
A Prefeitura de Mogi das Cruzes conta, ainda, com o auxílio de entidades da administração pública indireta vinculadas a diferentes secretarias, dependendo de sua área de atuação, podendo ser destacado o Instituto de Previdência Municipal (IPREM) responsável pela administração previdenciária dos servidores efetivos do município.
Pertencem também à Prefeitura (ou ela é sócia majoritária em seus capitais sociais) uma série de empresas responsáveis por aspectos diversos dos serviços públicos e da economia de Mogi das Cruzes: Controladoria, Fundo Social, Ouvidoria, Procon e Serviço Militar.
Como autarquias, Mogi das Cruzes possui o Semae (Serviço Municipal de Água e Esgoto) e o CRESAMU (Consórcio Regional do Serviço de Atendimento Móvel de Urgência).
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